阿塞拜疆海军的成立可追溯至1918年8月5日，因为当时俄罗斯帝国的舰队部署在阿塞拜疆的领海区域内，阿塞拜疆民主共和国政府决定成立这支海军。当时只有6条船。苏联统治阿塞拜疆以后，这支舰队被改编入苏联海军。1991年苏联解体，苏联里海舰队被阿塞拜疆和俄罗斯联邦瓜分。1992年6月，这些阿塞拜疆拥有的船只被挂上了阿塞拜疆国旗，正式投入使用。根据盖达尔·阿利耶夫1996年颁发的总统令，8月5日被定为阿塞拜疆海军日。到今天，阿塞拜疆海军被认为是继俄罗斯联邦之后实力第二强的里海舰队。[2] V0rS^SAF  
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阅兵式时在巴库湾的阿塞拜疆海军 ~`xaBz0q  
简氏海军年鉴在2001－2002版中说，阿塞拜疆海岸警备队在2002年7月成立。船只则是改编自里海舰队和苏联边防部队。[1]舰队最早的总司令是拉菲格·阿斯加洛夫（英语：Rafig Asgarov）（Rafig Asgarov），现在舰队由海军中将沙希·苏丹诺威（英语：Shahin Sultanov）领导。[3]

现在这只海军有大约5000人服役，有包括里海舰队和海岸警备队在内的16个部门。 8_d>=*(  
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现有的服役船只： Jq5](F!z  
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1艘彼佳级护卫舰[4]：7艘巡逻艇，包括2艘奥萨级导弹快艇和5艘斯丹卡级巡逻艇。 O`;e^PhN  
7艘扫雷舰包括：2艘索尼娅级扫雷艇和5艘叶夫根级扫雷艇。 ?tA<:.<vtY  
6艘登陆艇，1艘特种军舰 4N!Eqw  
2000年，阿塞拜疆向土耳其收购了一艘AB-25级巡逻艇。2001年则向美国收购了2艘巡逻艇，另外在2001－2005年先后向土耳其收购了30艘巡逻艇。[5] #OQT@uF!
 
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海军特种部队 LLMom.  
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2001年，阿塞拜疆在土耳其海军的援助下成立了海军特种部队。它的训练和编制都与参与援助和训练的土耳其海军特种部队（英语：Su Alt? Taarruz）和美国海军特种部队有相似之处[6] T{US
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2004年利特尔克里克两栖基地的一个海豹部队小组参加了与阿塞拜疆第641海军特种部队的联合作战演习，司令部设在巴库城外的阿塞拜疆海军基地。[7]这支部队被描述成“令人印象深刻的新海上特种部队”。[8] kBRy(?Mft&  
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2005年，黑水国际收到阿塞拜疆的请求训练其海军特种部队。[9] `kRv+Qwfa  
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与美国的合作 69/br @j%`  
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在巴库的阅兵式 ;(F_2&he  
2006年美国赠送给了阿塞拜疆3艘摩托艇，还有让美国援助更新里海舰队中的战舰的协议。 xJ);P.  
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2006年5月19日，阿塞拜疆海军和土耳其海军举行了一次联合军演。内容是保护巴库的石油和天然气管道。这次演习的目的是保证巴库-第比利斯-杰伊汉管道的安全。演习的第一个任务是清除海床上安放的地雷，之后是将假想的恐怖分子设置的陷阱拆除，最后则是海空的联合操练。[10] F>H5 ww9E  
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2007年阿塞拜疆海军和美国的一座军工厂达成协议，标志着阿塞拜疆的部分船只将会装备更先进的激光瞄准设施。美国专家也会对这一设施的使用给予培训。